Die Wissenschaftliche Kommission (WK) begutachtet die Manuskripte für die verschiedenen wissenschaftlichen Publikationen von Archäologie Schweiz, insbesondere die im Jahrbuch veröffentlichten Artikel und die monographische Buchreihe «Antiqua». In der Verantwortung der Kommission steht auch die Reihe «Die Schweiz vom Paläolithikum bis zum Mittelalter» (SPM), für die sie mit zahlreichen WissenschaftlerInnen und Institutionen zusammenarbeitet. Zu den periodisch erscheinenden SPM-Bänden sowie zu weiteren aktuellen Themen aus der Schweizer Archäologie konzipiert die Kommission Einführungskurse, die sowohl Mitgliedern als auch Nichtmitgliedern der Gesellschaft offen stehen.

Bei Forschungs- oder Beitragsgesuchen können der Schweizerische Nationalfonds für die wissenschaftliche Forschung (SNF), die Schweizerische Akademie für Geistes- und Sozialwissenschaften (SAGW) oder andere Institutionen bei der Kommission eine Stellungnahme anfordern. Die Kommission schreibt auch Stellungnahmen zu wissenschaftlichen Fragen, die vom Vorstand eingebracht werden. Die Kommission hat zudem die Möglichkeit, Gutachten bei externen Fachleuten anzufragen.